关于北洋水师经费一直流传一种说法，说慈禧修建颐和园，前后挪用了海军经费3000万两。
这个说法最早源自梁启超的《瓜分危言》，他在书中说马江海战后，清廷为了新建海军，于是备款3000万两，结果颐和园工程一开始，“举所筹之款，尽数以充土木之用”。而太监王世和的《造陶庐日录》中也提到海署各堂司为中饱私囊，“谋修清漪园，动款3000余万”。
梁启超在近代史上很有影响力，又有其他人回忆旁证，而颐和园重修工程是奕譞、奕劻主持，奕譞总理海军事务，是海军衙门的一把手，挪用海军经费很方便，这个说法似乎合情合理，因此这个说法很多人相信。不仅被池仲祐记入《海军大事记》，其他海军著作也多有提及，只是具体金额有一定出入。不过这个说法仔细考证的话，就能发现存在很多问题。
首先来说，所谓为了新建海军备款3000万两一事纯属子虚乌有。自清政府决定筹办海防起，款项都是每年从海关、厘金中调拨或临时筹措，并无固定准备金。而且晚清时期清政府内忧外患，战事不断，财政一直很紧张，根本不可能一下子拿出3000万两这么大一笔钱来。
另外海军衙门是光绪十一年九月，也就是1885年10月才设立。海军衙门每年过手经费不过3、4百万两而已，在保证海军日常开支的同时，还需要每年拨100万两作为东北练饷，断不可能在成立到甲午年间凑出3000万两来用于修建颐和园。
不过虽然挪用3000万两海军经费一事纯属谣言，但是挪用海军衙门经费修建颐和园却是事实。根据后世考证，海军衙门经费陆续有400多万两被用于颐和园工程。这些钱当然不全是海军经费，可毕竟是从海军衙门这过的，无疑对北洋水师造成了一定的影响。
从另一个角度来说，光绪十年左右开始重修清漪园。一开始修园还是偷偷进行，光绪十四年二月，光绪下诏改清漪园为颐和园，修园工程也正式公开化。到光绪十七年四月二十八日，慈禧入主颐和园，不过园中还有多处工程仍在继续，而且又开始筹备慈禧六十寿诞庆典，直到甲午战争爆发时还不断有所开支。因此颐和园相关工程到底耗费多少，一直说法不一，但是一般都认为前后花了1000万两甚至几千万两。
这么多钱花费在颐和园工程上，必然会让清政府原本就很窘迫的财政更加困难，影响到海防建设。所以修建颐和园直接挪用的海军经费虽说没有3000万两这么多，但是间接影响却很大。
